不動産売買における仲介手数料とは、例えば中古マンションをAさんからBさんへ売却した時、一般的には、間に不動産会社が入って売買契約を行いますが、その手数料を仲介手数料と言い、法律で売買価格の3％＋6万円（6万円は税抜き価格）以下と決められています。
大抵の所はキッチリ仲介手数料を頂きますが、不動産屋によっては割り引く所もあるようです。
この仲介手数料が不動産会社の利益になるわけで、上記の場合AさんとBさんの両方からそれぞれ仲介手数料を頂くことになります。
また、不動産会社が売主の物件（不動産会社所有の物件）を購入した場合、仲介をしたわけではないので仲介手数料はかかりません。
同じ物件なら自社物件のほうが安く購入できると言うわけです。